ยุคศักดินาญี่ปุ่นเริ่มต้นจากการที่ผู้ปกครองทางการทหารเริ่มมีอำนาจขึ้น พ.ศ. 1728 หลังจากการพ่ายแพ้ของตระกูลไทระ มินะโมะโตะ โนะ โยะริโตะโมะ ได้แต่งตั้งตนเองเป็นโชกุน และสร้างรัฐบาลทหารในเมืองคะมะกุระ ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของยุคคะมะกุระซึ่งมีการปกครองแบบศักดินา แต่รัฐบาลคามากุระก็ไม่สามารถปกครองทั้งประเทศได้ เพราะพวกราชวงศ์ยังคงมีอำนาจอยู่ในเขตตะวันตก หลังจากการเสียชีวิตของโชกุนโยริโตโมะ ตระกูลโฮโจได้ก้าวขึ้นมาเป็นผู้สำเร็จราชการให้โชกุน รัฐบาลคะมะกุระสามารถต่อต้านการรุกรานของจักรวรรดิมองโกลใน พ.ศ. 1817 และ พ.ศ. 1824 โดยได้รับความช่วยเหลือจากพายุกามิกาเซ่ซึ่งทำให้กองทัพมองโกลประสบความเสียหายอย่างมาก

อย่างไรก็ตาม รัฐบาลคะมะกุระก็อ่อนแอลงจากสงครามครั้งนี้ จนในที่สุดต้องสูญเสียอำนาจให้แก่จักรพรรดิโกะ-ไดโกะ ผู้ซึ่งพ่ายแพ้ต่ออะชิกะงะ ทะกะอุจิในเวลาต่อมาไม่นาน อะชิกะงะ ทะกะอุจิย้ายรัฐบาลไปตั้งไว้ที่มุโระมะชิ จังหวัดเคียวโตะ จึงได้ชื่อว่ายุคมุโระมะชิ ในช่วงกลางพุทธศตวรรษที่ 20 อำนาจของโชกุนเริ่มเสื่อมลงและเกิดสงครามกลางเมืองขึ้น เพราะบรรดาเ้จ้าครองแคว้นต่างทำสู้รบเพื่อแย่งชิงความเป็นใหญ่ ซึ่งทำให้ญี่ปุ่นเข้าสู่ยุคสงครามที่เรียกว่ายุคเซ็งโงะกุ

ในระหว่างพุทธศตวรรษที่ 21 มีพ่อค้าและมิชชันนารีจากโปรตุเกสเดินทางมาถึงญี่ปุ่นเป็นครั้งแรก และเริ่มการค้าขายและแลกเปลี่ยนวัฒนธรรมระหว่างญี่ปุ่นกับโลกตะวันตก

สงครามดำรงอยู่หลายสิบปี จนโอะดะ โนะบุนะงะเอาชนะเจ้าครองแคว้นอื่นหลายคนโดยใช้เทคโนโลยีและอาวุธของยุโรปและเกือบจะรวมประเทศญี่ปุ่นให้เป็นปึกแผ่นได้แล้วเมื่อเขาถูกลอบสังหารใน พ.ศ. 2125 โทพโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิผู้สืบทอดเจตนารมณ์ต่อมาสามารถปราบปรามบ้านเมืองให้สงบลงได้ใน พ.ศ. 2133 ฮิเดะโยะชิรุกรานคาบสมุทรเกาหลีถึง 2 ครั้ง แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จ จนเมื่อเขาเสียชีวิตลงใน พ.ศ. 2141 ญี่ปุ่นก็ถอนทัพ

หลังจากฮิเดะโยะชิเสียชีวิต โทะกุงะวะ อิเอะยะซุแต่งตั้งตนเองขึ้นเป็นผู้สำเร็จราชการให้แก่ลูกชายของฮิเดะโยะชิ โทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะริ เพื่อที่จะได้อำนาจทางการเมืองและการทหาร อิเอะยะซุเอาชนะไดเมียวต่าง ๆ ได้ในยุทธการเซะกิงะฮะระใน พ.ศ. 2143 จึงขึ้นเป็นโชกุนใน พ.ศ. 2146 และก่อตั้งรัฐบาลใหม่ที่นครเอะโดะ ยุคเอโดะจึงเริ่มต้นขึ้น รัฐบาลโชกุนโชะกุงะวะได้ใช้วิธีหลายอย่าง เช่น บุเกโชฮัตโต เพื่อควบคุมไดเมียวทั้งหลาย ใน พ.ศ. 2182 รัฐบาลเริ่มนโยบายปิดประเทศและใช้นโยบายนี้อย่างไม่เข้มงวดนักต่อเนื่องถึงประมาณสองร้อยห้าสิบปี ในระหว่างนี้ ญี่ปุ่นศึกษาเทคโนโลยีตะวันตกผ่านการติดต่อกับชาวดัตช์ที่สามารถเข้ามาที่เกาะเดจิมะ (ในจังหวัดนะงะชิกะ) เท่านั้น ความสงบสุขจากการปิดประเทศเป็นเวลานานทำให้ชนที่อยู่ใต้อำนาจปกครองอย่างเช่นชาวเมืองได้มีโอกาสที่จะประดิษฐ์สิ่งใหม่ ๆ ขึ้นมาในทางของตนเอง ในยุคเอะโดะนี้ยังมีการเริ่มต้นการให้ศึกษาประชาชนเกี่ยวกับประเทศญี่ปุ่นอีกด้วย

แต่ญี่ปุ่นก็ถูกกดดันจากประเทศตะวันตกให้เปิดประเทศอีกครั้ง ในวันที่ 31 มีนาคม พ.ศ. 2394 นาวาเอก (พิเศษ) แมทธิว เพอร์รี่และเรือดำของกองทัพเรือสหรัฐอเมริกาบุกมาถึงญี่ปุ่นเพื่อบังคับให้เปิดประเทศด้วยสนธิสัญญาพันธไมตรกับประเทศสหรัฐอเมริกา หลังจากนั้นญี่ปุ่นก็ต้องทำสนธิสัญญาแบบเดียวกันกับประเทศตะวันตกอื่น ๆ ซึ่งสนธิสัญญาเหล่านี้ทำให้ญี่ปุ่นประสบปัญหาทั้งทางเศรษฐกิจและการเมือง เพราะการเปิดประเทศและให้สิทธิพิเศษกับชาวต่างชาติทำให้ชาวญี่ปุ่นจำนวนมากไม่พอใจต่อรัฐบาลเอะโดะ และเกิดกระแสเรียกร้องให้คืนอำนาจอธิปไตยแก่องค์จักรพรรดิ (ซึ่งมักเรียกว่าการปฏิรูปเมจิ) จนในที่สุดรัฐบาลเอะโดะก็หมดอำนาจลง

ไฟล์:Japan Kyoto Kinkakuji DSC00108.jpg